Salah satu faktor yang penting didalam budidaya bawang merah untuk menunjang keberhasilan adalah pemupukan. Menurut Setiyowati et al., Pengurangan pupuk N,P,K berupa Urea, SP36, KCl 50% dengan
sentra-sentra produksi bawang merah seperti Brebes, Tegal dan Cirebon, tanah pertaniannya mengalami degradasi hara sehingga hal ini betul-betul menjadikan peluang untuk pengembangan bawang merah ke daerah lain (ekstensifikasi). Di Indonesia, luas lahan vertisol mencapai 1,8 juta hektar dan dari luas tersebut hanya sekitar 30% yangSementara itu, tanaman bawang merah kurang cocok diberi pupuk KCl karena tanaman bawang merah sensitif terhadap unsur klor. Untuk padi; Khusus untuk padi, dosis pemupukkan mengikuti pedoman pengelolaan tanaman terpadu (PTT) padi. Untuk menentukan dosis pupuk tunggal (urea, SP36, dan KCL), Anda harus memeriksa status bagan warna daun (BWD).
Selanjutnya memberikan pupuk Urea, KCl, dan SP-36 dengan membuat larikan di antara 2 barisan tanaman bawang merah. Setelah itu, melakukan perawatan secara rutin sebanyak 2 kali sehari. Perawatan terhadap tanaman bawang merah juga berupa penyiangan, pemupukan susulan berupa pupuk Urea yang dilakukan pada tanggal 23 Oktober 2019 secara larikan.
Siapkan tempat untuk proses pembuatan pupuk. Masukkan kotoran ayam (yang sudah kering), serbuk kulit kepala, dan kapur (CaCo3). Campur hingga merata. Tambahkan DOF hijau dan DOF merah sampai bahan terasa lembab. Tutup rapat dengan terpal. Setelah dua hari, cek apakah bahan masih terasa panas. Bila masih, maka tutup kembali. Hasil penelitian menunjukkan bahwa faktor risiko dalam produksi bawang merah antara lain pupuk urea dan ZA, hama dan penyakit. Penyediaan pupuk bersubsidi bertujuan untuk meringankan beban Pemanfaatan limbah pertanian seperti kulit bawang merah dan ampas kelapa untuk bahan baku pupuk organik masih sangat potensial. Zat dan senyawa yang terdapat pada kulit bawang merah maupun ampas kelapa dapat memberikan kesuburan bagi tanah dan bermanfaat bagi tanaman. Penggunaan kompos dari kulit bawang merah dan ampas kelapa ini .